La Capilla de San Francisco Javier, añadida entre 1667 y 1670, es el único ejemplo conservado del estilo barroco en estuco (Stuckbarock) en Liubliana. Su planta octogonal está decorada con un dinámico estucado, ocho cariátides, rica ornamentación vegetal y una cúpula con linterna que ilumina el espacio. La capilla se completa con seis grandes lienzos al óleo, realizados en 1726, que representan escenas de la vida del santo, enmarcados en estructuras de estuco. Aunque se desconoce el autor, se cree que las pinturas son obra de Daniel Savoy. La pintura del retablo principal, Apoteosis de San Francisco Javier, es una obra de Paul Kühn de mediados del siglo XIX.
La capilla fue adosada en el lado norte de la Iglesia de Santiago entre los años 1667 y 1670. Se accede a ella a través de un gran arco desde la primera capilla norte, antes del presbiterio. La planta octogonal y la composición central elevada la convierten en el único ejemplo conservado del llamado barroco en estuco en la ciudad. Su diseño arquitectónico sigue modelos lombardos y venecianos, comparables con las obras de Diego Carlone y su taller.
La forma octogonal permitió una decoración en estuco rica y variada, poco común en los espacios rectangulares. La capilla está coronada por una cúpula en forma de tienda de ocho lóbulos, rematada con una linterna. El espacio se divide en dos niveles: la planta baja está adornada con marcos de estuco para las pinturas, mientras que en el nivel superior se ubican ventanas decoradas con estuco, coronadas por parejas de ángeles (putti) con cartelas y escudos de los estados provinciales. La cartela sobre el altar contiene una dedicatoria de Carniola con la fecha 1669.
Las esquinas del espacio están enmarcadas por pilastras, que en el nivel superior se convierten en cariátides casi escultóricas —ocho en total— dispuestas en el piso superior con luz natural. Los campos de las bóvedas están decorados con motivos diversos, entre los que destacan conchas, hojas de acanto, ornamentos en forma de orejas y formas cartilaginosas. Los marcos inferiores se cubrieron con pinturas sobre lienzo, mientras que las cartelas en forma de pera del interior de la cúpula permanecieron sin pintar.
El interior de la capilla se enriquece con un conjunto artístico excepcionalmente valioso. El monumental altar de piedra, obra del taller de Franc Grumnik de Liubliana, fue realizado entre 1709 y 1720. Está adornado con más de diez esculturas de mármol de cuerpo entero, realizadas por escultores italianos barrocos.
La mensa central, sostenida por cuatro figuras de jóvenes africanos, alberga una escultura del santo con vestimenta sacerdotal, que recuerda su cuerpo incorrupto conservado en Goa. A su lado se encuentran un serafín y un querubín, esculturas de Paolo Gropelli. En 1719, se añadieron dos ángeles de mármol en nichos, y en 1720, las figuras alegóricas de Europa y África, obra de Jacopo Contieri. En la cima del altar se encuentra un ángel con trompeta, realizado por Angelo Putti.
La capilla está enriquecida por seis grandes lienzos al óleo, que ilustran los milagros de San Francisco Javier y datan del año 1726. Aunque el autor es desconocido, se atribuyen con gran probabilidad a Daniel Savoy, un pintor originario de Dresde, que abrazó la fe católica precisamente en esta iglesia.
La pintura del altar mayor, titulada Apoteosis de San Francisco Javier, fue pintada por Paul Kühn a mediados del siglo XIX.
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