El Altar de San Francisco Javier fue realizado a comienzos del siglo XVIII. Su elemento central es la mesa del altar (mensa), que alberga una imagen del santo con atuendo sacerdotal, evocando su cuerpo incorrupto conservado en Goa. La composición escultórica se complementa con las figuras de un serafín y un querubín, obra de Paolo Gropelli. El tabernáculo fue ampliado por Jacopo Contieri, quien también talló las figuras simbólicas de Europa y África. En la parte superior del altar se alza un ángel con trompeta, esculpido por Angelo Putti. La pintura del retablo, La exaltación de San Francisco Javier, fue realizada por Paul Kühn en 1860. El altar nació de una intensa devoción popular y de un fuerte impulso misionero, irradiando un mensaje espiritual y artístico profundamente rico.
El elemento central es la mensa, sostenida por cuatro figuras de jóvenes africanos, sobre la cual yace la imagen de San Francisco Javier en hábito sacerdotal —no representado en agonía, sino ya difunto— en memoria de sus reliquias incorruptas, que desde 1637 se conservan en Goa.
Por encima de la mensa se alzan dos pedestales con las esculturas de un serafín y un querubín, que sustituyen las columnas habituales. Ambas figuras fueron esculpidas por Paolo Gropelli, quien les dio una expresiva dinámica barroca.
El tabernáculo de piedra negra fue ampliado en 1719 con dos nichos de mármol que albergan ángeles tallados por Jacopo Contieri. Este artista también añadió las figuras simbólicas de Europa y África: una “reina” de piel clara y un “rey” de piel oscura, representando la expansión del Evangelio a todos los continentes. Las bases de estas figuras llevan las firmas grabadas de Contieri.
El ático del altar está adornado con dos ángeles sentados sobre volutas (obra de Contieri) y un ángel de pie con trompeta en la cima, esculpido por Angelo Putti.
En 1860, Paul Kühn pintó el retablo de la Exaltación de San Francisco Javier, actualmente trasladado al presbiterio debido a tareas de restauración. El mismo autor es responsable del Vía Crucis de 1863 en las capillas adyacentes.
En las paredes de la capilla se conservan seis pinturas al óleo, datadas en 1726, que representan los milagros de San Francisco Javier. Se atribuyen posiblemente a Daniel Savoy, antiguo calvinista que abrazó la fe católica precisamente en esta iglesia.
Este altar es expresión de una devoción intensa y profunda, arraigada en la tradición jesuita de las novenas previas a la festividad del santo, que se celebran desde alrededor del año 1700. Para dichas solemnidades, se erigían escenografías temporales ante el antiguo altar, con ángeles y figuras alegóricas de los continentes, las cuales más tarde se integraron de manera permanente en el programa artístico del altar.
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