L’autel de saint François-Xavier fut réalisé au début du XVIIIᵉ siècle. Son élément central est la table d’autel (mensa), qui abrite une représentation du saint en habit sacerdotal, évoquant son corps incorrompu conservé à Goa. La composition sculpturale est complétée par les figures d’un séraphin et d’un chérubin, œuvres de Paolo Gropelli. Le tabernacle fut agrandi par Jacopo Contieri, qui sculpta également les figures symboliques de l’Europe et de l’Afrique. Dans la partie supérieure de l’autel se dresse un ange à la trompette, sculpté par Angelo Putti. Le tableau du retable, L’Exaltation de saint François-Xavier, fut peint par Paul Kühn en 1860. Cet autel est né d’une dévotion populaire intense et d’un fort élan missionnaire, diffusant un message spirituel et artistique d’une grande richesse.
L’élément central est la mensa, soutenue par quatre figures de jeunes africains, sur laquelle repose l’image de saint François-Xavier en habit sacerdotal — non représenté en agonie, mais déjà défunt — en mémoire de ses reliques incorrompues, conservées à Goa depuis 1637.
Au-dessus de la mensa se dressent deux piédestaux avec les sculptures d’un séraphin et d’un chérubin, qui remplacent les colonnes habituelles. Ces deux figures furent sculptées par Paolo Gropelli, qui leur donna un mouvement expressif et dynamique typique du baroque.
Le tabernacle en pierre noire fut agrandi en 1719 par deux niches en marbre contenant des anges sculptés par Jacopo Contieri. Ce dernier ajouta aussi les figures symboliques de l’Europe et de l’Afrique : une « reine » à la peau claire et un « roi » à la peau foncée, représentant l’expansion de l’Évangile à tous les continents. Les socles de ces figures portent les signatures gravées de Contieri.
L’attique de l’autel est décoré de deux anges assis sur des volutes (œuvre de Contieri) et d’un ange debout tenant une trompette à son sommet, sculpté par Angelo Putti.
En 1860, Paul Kühn peignit le retable L’Exaltation de saint François-Xavier, actuellement déplacé dans le presbytère en raison de travaux de restauration. Le même artiste réalisa également le chemin de croix de 1863 dans les chapelles latérales.
Sur les murs de la chapelle sont conservées six peintures à l’huile, datées de 1726, représentant les miracles de saint François-Xavier. Elles sont attribuées à Daniel Savoy, ancien calviniste converti au catholicisme précisément dans cette église.
Cet autel exprime une dévotion profonde et fervente, enracinée dans la tradition jésuite des neuvaines précédant la fête du saint, célébrées depuis environ 1700. Pour ces célébrations solennelles, des décors temporaires étaient dressés devant l’ancien autel, avec des anges et des figures allégoriques des continents, qui furent plus tard intégrées de manière permanente dans le programme artistique de l’autel.
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