L’autel de saint Jean Népomucène, situé dans la deuxième chapelle à droite du maître-autel, reflète l’architecture de l’autel de sainte Anne, placé du côté opposé de l’église. En 1710, l’ancien autel des Saints Martyrs fut retiré et remplacé par un nouvel autel en marbre dédié au martyr pragois, dont la dévotion croissait rapidement, bien qu’il ne fût pas encore canonisé.
L’initiative fut lancée par Anton pl. Raab, secrétaire régional, et c’est sa veuve qui, après la béatification de Népomucène en 1721, réalisa son souhait en commandant à Venise une peinture pour le retable. Par la suite, les jésuites tentèrent de vendre, ou vendirent effectivement, cet autel à la résidence jésuite de Slavonska Požega. Un nouvel autel, inspiré de celui de sainte Anne, fut érigé en 1738, d’abord sans sculptures.
En 1751, un contrat fut signé avec Francesco Robba pour achever l’autel, mais l’œuvre ne fut finalisée qu’en 1764, grâce au sculpteur Franc Rottman. L’autel présente des sculptures en marbre de Robba, notamment les anges sur les volutes et les statues de saint Florian et de saint Roch, protecteurs contre les incendies, les inondations et les épidémies. Rottman sculpta trois anges portant des phylactères, contenant des inscriptions relatives à saint Jean Népomucène : « Martyr du Silence », « Protecteur du Bon Nom ».
Sur l’attique de l’autel se trouve une peinture de Valentin Metzinger représentant les martyrs jésuites de Nagasaki (1597). L’image centrale, représentant la Vierge Marie aux côtés de saint Jean Népomucène, fut réalisée à Venise en 1721, probablement par un peintre de l’atelier de Letterini.
Sous la peinture principale se trouve un reliquaire en verre contenant les restes de saint Félix, rapportés des catacombes romaines en 1858 et placés de manière permanente sur l’autel en 1859.
Ce riche autel baroque, abondamment décoré, comprend treize sculptures majeures et mineures, des têtes d’anges, des guirlandes de grenades et une mensa ornementée. Un ange, tenant une branche de palmier dans une main et posant un doigt sur ses lèvres, symbolise le martyre de Népomucène et sa fidélité absolue au secret de la confession.
Saint Jean Népomucène, dont la fête est célébrée le 16 mai, fut proclamé en 1730 second patron de la Compagnie de Jésus.
