Der Altar des heiligen Johannes von Nepomuk, der sich in der zweiten Kapelle rechts vom Hochaltar befindet, spiegelt architektonisch den Altar der heiligen Anna wider, der sich auf der gegenüberliegenden Seite der Kirche befindet. Im Jahr 1710 wurde der alte Altar der heiligen Märtyrer entfernt und ein neuer Marmoraltar zu Ehren des Prager Märtyrers errichtet, dessen Verehrung rasch zunahm – obwohl er zu diesem Zeitpunkt noch nicht kanonisiert war.
Die Initiative ging von Anton pl. Raab, einem Regionssekretär, aus. Nach seiner Seligsprechung im Jahr 1721 erfüllte seine Witwe seinen Wunsch und ließ in Venedig ein Gemälde für das Altarbild anfertigen. Später versuchten die Jesuiten, diesen Altar an die Jesuitenresidenz in Slavonska Požega zu verkaufen oder verkauften ihn tatsächlich. Im Jahr 1738 wurde ein neuer Altar, inspiriert vom Altar der heiligen Anna, errichtet – zunächst ohne Skulpturen.
Im Jahr 1751 wurde ein Vertrag mit Francesco Robba zum Abschluss des Altars unterzeichnet, doch die Fertigstellung erfolgte erst 1764 durch den Bildhauer Franc Rottman. Der Altar zeigt Marmorskulpturen von Robba, darunter die Engel auf den Voluten sowie die Heiligen Florian und Rochus, Schutzpatrone gegen Feuer, Überschwemmungen und Pest. Rottman schnitzte drei Engel mit Spruchbändern, die auf Johannes von Nepomuk Bezug nehmen: „Märtyrer des Schweigens“, „Schützer des guten Namens“.
Im Altaraufsatz befindet sich ein Gemälde von Valentin Metzinger, das die Märtyrer von Nagasaki (1597) zeigt. Das zentrale Bild mit der Jungfrau Maria und dem heiligen Johannes von Nepomuk wurde 1721 in Venedig gefertigt, vermutlich von einem Maler aus der Werkstatt Letterini.
Unter dem Hauptgemälde befindet sich ein Glasreliquiar mit den Gebeinen des heiligen Felix, die 1858 aus den römischen Katakomben gebracht und 1859 dauerhaft im Altar eingesetzt wurden. Dieser reich verzierte barocke Altar umfasst dreizehn größere und kleinere Skulpturen, Engelsköpfe, Granatapfelgirlanden und eine kunstvoll gestaltete Mensa. Ein Engel mit einer Palmzweig in der Hand und dem Finger auf den Lippen symbolisiert das Martyrium Nepomuks und seine absolute Treue zum Beichtgeheimnis.
Der heilige Johannes von Nepomuk, dessen Gedenktag der 16. Mai ist, wurde im Jahr 1730 zum zweiten Patron der Gesellschaft Jesu (Jesuitenorden) erhoben.
