El Altar de San Juan Nepomuceno, ubicado en la segunda capilla a la derecha del altar mayor, refleja la arquitectura del Altar de Santa Ana, situado en el lado opuesto de la iglesia. En el año 1710, se retiró el antiguo altar de los Santos Mártires y se erigió un nuevo altar de mármol en honor al mártir praguense, cuya devoción crecía rápidamente, aunque aún no había sido canonizado.
La iniciativa partió de Anton pl. Raab, secretario regional, y fue su viuda quien más adelante cumplió su deseo tras la beatificación de Nepomuceno en 1721, encargando en Venecia una pintura para el retablo. Posteriormente, los jesuitas intentaron vender, o vendieron efectivamente, este altar a la residencia jesuita de Slavonska Požega. Un nuevo altar, inspirado en el de Santa Ana, fue erigido en 1738, inicialmente sin esculturas.
En 1751, se firmó un acuerdo con Francesco Robba para completar el altar, pero la obra no se concluyó hasta 1764, de la mano del escultor Franc Rottman. El altar presenta esculturas de mármol de Robba, entre ellas los ángeles sobre las volutas y las figuras de San Florián y San Roque, protectores contra incendios, inundaciones y pestes. Rottman talló tres ángeles con filacterias, que contienen inscripciones alusivas a San Juan Nepomuceno: “Mártir del Silencio”, “Protector del Buen Nombre”.
En el ático del altar se halla una pintura de Valentin Metzinger que representa a los mártires jesuitas de Nagasaki (1597). La imagen central, que muestra a la Virgen María junto a San Juan Nepomuceno, fue realizada en Venecia en 1721, probablemente por un pintor del taller de Letterini.
Debajo de la pintura principal se encuentra un relicario de vidrio con los restos de San Félix, traídos desde las catacumbas romanas en 1858 y colocados de manera permanente en el altar en 1859. Este rico altar barroco, ricamente decorado, presenta trece esculturas mayores y menores, cabezas de ángeles, guirnaldas de granadas y una mensa ornamentada. Un ángel, con una rama de palma en una mano y el dedo sobre los labios, simboliza el martirio de Nepomuceno y su fidelidad absoluta al secreto de confesión.
San Juan Nepomuceno, cuya memoria se celebra el 16 de mayo, fue proclamado en 1730 segundo patrono de la Compañía de Jesús.
