Ołtarz św. Jana Nepomucena, znajdujący się w drugiej kaplicy po prawej stronie od ołtarza głównego, odzwierciedla architekturę ołtarza św. Anny, usytuowanego po przeciwnej stronie kościoła. W 1710 roku usunięto dawny ołtarz Świętych Męczenników i wzniesiono nowy marmurowy ołtarz ku czci męczennika z Pragi, którego kult szybko się rozwijał, choć wówczas nie był jeszcze kanonizowany.
Inicjatywa należała do Antona pl. Raaba, sekretarza regionalnego, a jego wdowa po beatyfikacji Nepomucena w 1721 roku spełniła wolę męża, zamawiając w Wenecji obraz do nastawy ołtarzowej. Później jezuici próbowali sprzedać lub sprzedali ten ołtarz rezydencji jezuitów w Slavonska Požega. W 1738 roku wzniesiono nowy ołtarz, inspirowany ołtarzem św. Anny, początkowo bez rzeźb.
W 1751 roku podpisano umowę z Francesco Robbą na wykończenie ołtarza, ale prace zakończono dopiero w 1764 roku dzięki rzeźbiarzowi Francowi Rottmanowi. Ołtarz zdobią marmurowe rzeźby Robby, w tym anioły na wolutach oraz figury św. Floriana i św. Rocha – patronów chroniących przed pożarami, powodziami i zarazami. Rottman wyrzeźbił trzech aniołów z wstęgami, na których widnieją inskrypcje odnoszące się do Nepomucena: „Męczennik Milczenia”, „Obrońca Dobrego Imienia”.
W attyce ołtarza znajduje się obraz Valentina Metzingera, przedstawiający męczenników jezuickich z Nagasaki (1597). Główna scena – Matka Boża ze św. Janem Nepomucenem – została wykonana w Wenecji w 1721 roku, prawdopodobnie przez malarza z pracowni Letteriniego.
Pod obrazem głównym znajduje się szklany relikwiarz z relikwiami św. Feliksa, sprowadzonymi z rzymskich katakumb w 1858 roku i umieszczonymi w ołtarzu rok później. Ten bogato zdobiony barokowy ołtarz zawiera trzynaście rzeźb większych i mniejszych, główki aniołów, girlandy z owoców granatu i ozdobioną mensę. Jeden z aniołów, trzymający gałązkę palmową i przykładający palec do ust, symbolizuje męczeństwo Nepomucena i jego absolutną wierność tajemnicy spowiedzi.
Św. Jan Nepomucen, którego wspomnienie liturgiczne przypada na 16 maja, został w 1730 roku ogłoszony drugim patronem Towarzystwa Jezusowego.
