Boczne ołtarze, ustawione symetrycznie parami wzdłuż nawy, znajdują się przy wschodnich ścianach kaplic, tworząc barokowy, dramatyczny efekt zjednoczonej perspektywy architektonicznej, która prowadzi wzrok ku prezbiterium i głównemu ołtarzowi.
Ołtarze w kościele św. Jakuba ukazują rozwój architektury ołtarzowej — od struktur z czarnego marmuru z końca XVII wieku po bogate kompozycje dojrzałego baroku.
Rzeźby obejmują prace takich artystów jak anioły autorstwa Paolo Gropellego (1709/10), figury Putti i Contieriego, aż po arcydzieła Francesca Robby, weneckiego rzeźbiarza, który osiadł i prowadził swój warsztat w Lublanie.
