Die Orgel der Jakobskirche in Laibach besitzt eine lange und reiche Geschichte. Die erste urkundliche Erwähnung stammt aus dem Jahr 1600. Das heutige Instrument wurde 1883 von Franc Goršič entworfen und verfügt über 22 Register. Im Jahr 1960 wurde es von Franc Jenko erweitert, der ein drittes Manual hinzufügte und die Zahl der Register auf 42 erhöhte. Die letzte Restaurierung erfolgte 2013–2014 unter der Leitung von Brane Košir. Dabei wurde die historische Intonation beibehalten, die Bälge restauriert sowie die Metallpfeifen gereinigt und neu intoniert. Heute gilt diese Orgel als eines der bedeutendsten sakralen Instrumente Laibachs und spielt sowohl in der Liturgie als auch im Konzertleben der Kirche eine zentrale Rolle.

Die ersten Erwähnungen der Orgel in der Jakobskirche reichen bis ins Jahr 1600 zurück, als noch die alte Kirche existierte, die vermutlich 1513 von den Augustinermönchen erbaut worden war. Nach der Ankunft der Jesuiten im Jahr 1597 wurde diese Kirche abgerissen, und 1615 entstand ein neuer Kirchenbau. Bereits ein Jahr später stiftete Baron Markvard Erberg, Komtur des Deutschen Ordens, eine neue Orgel im Wert von 200 Gulden. Ein Chronist jener Zeit schrieb, das Instrument sei „wie aus Gold“. Im Jahr 1674 wurde eine weitere Orgel gebaut, die um 1700 zerstört wurde. Seither erhielt die Kirche im Laufe der Zeit verschiedene neue Instrumente.

Um 1728 wurde wahrscheinlich eine besondere Orgel des Meisters Elsej errichtet, die bis 1831 in Gebrauch blieb und dann von Josef Ferdinand Malitschky umgebaut wurde. 1837 wurde sie erneut vom bekannten Laibacher Orgelbauer Franc Goršič (1836–1898) verändert, der sie 1857 zur Restaurierung in die renommierte Werkstatt Walcker in Ludwigsburg schickte. Der Umbau sollte drei Manuale, 45 Register und ein Pedal umfassen; die Arbeiten waren auf einen Monat angesetzt.

Im Jahr 1883 erhielt die Kirche eine neue Orgel, vollständig gefertigt von Franc Goršič – ein Meilenstein in der Entwicklung des slowenischen Orgelbaus. Er installierte 22 klingende Register mit zwei Manualen und Pedal und integrierte einige ältere Register aus dem 19. Jahrhundert. Zudem perfektionierte er das Balg-System, verbesserte die technische Spielbarkeit und gestaltete das Gehäuse ästhetisch neu, wodurch er eine gelungene Verbindung von Tradition und Innovation schuf. Das Instrument wurde während der umfassenden künstlerischen Erneuerung der Kirche unter Pfarrer Janez Rozman installiert.

Aufgrund von Verschleiß und einer unzureichenden Anpassung an die Akustik des Kirchenraums bedurfte die Orgel einer Erneuerung. 1960 wurde sie von Franc Jenko grundlegend restauriert, auf 42 Register (davon 36 klingend) erweitert, um ein drittes Manual ergänzt und in das historische Gehäuse eingebaut. Das Instrument erhielt eine pneumatische Traktur, erfüllte jedoch die Erwartungen an die Klangqualität nicht vollständig.

Die letzte umfassende Restaurierung erfolgte 2013–2014 unter der Leitung des Orgelbauers Brane Košir. Dabei legte man besonderen Wert auf die Erhaltung der historischen Intonation, die Restaurierung der Bälge sowie die Reinigung und Stimmung der Metallpfeifen.

Heute gilt die von Goršič erbaute und über die Jahrhunderte erweiterte und restaurierte Orgel als eines der bedeutendsten liturgischen Instrumente in Laibach. Sie bereichert das liturgische, künstlerische und musikalische Leben der Jakobskirche und ist ein wertvolles Zeugnis der slowenischen Orgelbaukunst.

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