Oltar sv. Jožefa je po slogu par oltarju Angelov varuhov na nasprotni strani cerkve. Leta 1716 je zamenjal starejši oltar sv. Katarine oziroma svetih mučenk. Izdelan je bil za 1000 goldinarjev, ki jih je ljubljanskemu jezuitskemu kolegiju leta 1709 daroval jezuit magister Jožef de Giorgio. Sprva je želel naročiti dva oltarja, a se je nato odločil za enega, veličastnejšega, posvečenega svojemu zavetniku.
Zasnova oltarja je izrazito baročna, dinamično oblikovana in prostorsko razgibana. Zgrajen je pretežno iz pisanega in črnega uvoženega marmorja, s kontrastno belimi kiparskimi poudarki. Glavna arhitekturna značilnost so dva v ospredje postavljena svedrasta stebra na valovitih podstavkih, ki poudarjata globino celotne oltarne strukture. Stebra in spremljajoči pilastri nosijo razgibano ogredje, nad katerim se pne mogočna atika, obrobljena z volutami in zaključno kartušo z napisom »ITE AD IOSEPH«. Oltarna menza je trebušasto izbočena, okrašena z listnimi volutami in kartušo z reliefom sv. Jožefa z Jezuščkom.
V osrednji niši nad menzo je slika Smrt sv. Jožefa, delo Franza Karla Remba iz Radovljice, ki je nastala bodisi leta 1702, ko je slikar prišel v kolegij ravno na Jožefovo godovanje, ali leta 1710. Ob strani stojita kipa sv. Dizme (levo) in sv. Barbare (desno), ki sta bila izklesana leta 1716. Oba svetnika sta v krščanski tradiciji povezana z dobro smrtjo: Dizma, »dobri razbojnik«, ki se je ob Jezusovi strani spreobrnil na križu, in Barbara, ki velja za zavetnico umirajočih. Nad sliko se nahajata angelski glavici in dva fruktona, v atiki pa relief Marijine zaroke ter večja angela, ki klečita na valovitem ogredju. Vsi kipi so delo znamenitega beneškega kiparja Angela de Puttija, ki je v tistem času ustvarjal na Kranjskem in postavil visoke standarde baročnega kiparstva. Tudi če oltarja ni sam izdelal, je najverjetneje odločilno vplival na njegovo zasnovo.
Sliko Srca Jezusovega na menzi je leta 1860 naslikal Josef Plank.
Oltar sv. Jožefa je umetnostno pomemben spomenik vrhunskega baročnega oblikovanja, ki izraža jezuitski estetski okus in teološko naravnanost. Posvečen je sv. Jožefu, možu Device Marije in Jezusovemu rejniku. Njegovo češčenje se je ob koncu 17. stoletja po zaslugi jezuitov močno razširilo in doseglo vrhunec leta 1870, ko ga je papež Pij IX. razglasil za zavetnika vesoljne Cerkve. Papež Pij XII. je leta 1955 uvedel praznik sv. Jožefa delavca (1. maj), s čimer je povezava med Jožefom in dostojanstvom dela dobila liturgično potrditev.
