15. stoljeće
Današnja barokna crkva stoji na mjestu gdje su početkom 15. stoljeća augustinski kanonici izgradili goticku crkvu.
8. svibnja 1598.
Položen je temeljni kamen kolegija. Gradnju je vodio isusovački redovnički brat Martin Vallorso iz Italije.
24. lipnja 1603.
Austrijski isusovački provincijal Alphons Carillo posvetio je kolegij i staru crkvu sv. Jakova. Isusovci su se uselili u djelomično izgrađen kolegij. Kada je kolegij 1617. bio dovršen, isusovci su njime prvi u Ljubljani ostvarili ideal talijanske gradnje s modernim arkadnim dvorištima.
5. prosinca 1603.
Nadvojvoda Ferdinand izdao je svečanu ustanovnu listinu ljubljanskog isusovačkog kolegija.
1. svibnja 1613.
Položen je temeljni kamen za novu crkvu.
15. studenoga 1615.
Crkva je bila svečano posvećena. Svečanosti su prisustvovali brojni gosti. Nadvojvodu Ferdinanda i nadvojvodu Maksimilijana zastupali su opat cistercitskog samostana u Viktringu Jurij Reinprecht i barun Marquardus von Egg.
25. svibnja 1625.
Ljubljanski biskup Tomaž Hren posvetio je tri oltara u bočnim kapelama na sjevernoj strani crkve. Dana 3. lipnja posvetio je još tri oltara na južnoj strani. U to vrijeme još nisu postojale posljednje dvije bočne kapele sv. Križa i Žalosne Gospe, jer su se ondje nalazili bočni ulazi u crkvu.
1658.
Zbog sve većeg broja učenika i profesora, nastava je premještena u novu školsku zgradu, a u stare prostore proširen je isusovački samostan. Sredinom 17. stoljeća u ljubljanskom se kolegiju školovalo oko 700 djece, a početkom 18. stoljeća već više od 900. Pedagoška djelatnost ljubljanskih isusovaca označava početak visokog školstva u Ljubljani, jer su u njihovu nastavnom programu od 1619. bila uključena i sveučilišna predavanja.
1667.–1670.
Uz potporu kranjskih deželnih staleža crkvi je dograđena iznimna osmerokutna kapela sv. Franje Ksaverskog. Štovanje ovoga sveca naglo se širilo nakon 1658., kada je potvrđeno prvo čudo, a njegovoj je popularnosti doprinijela i knjižica o njegovu životu te sličice tiskane 1666.
1682.
Ispred crkve uređen je Akademski trg s prepoznatljivim Marijinim kipom na visokom stupu. Marijin kip izliven je prema nacrtu polihistora Janeza Vajkarda Valvasora.
1701.
Crkva je povišena, ponovno svođena, a iznad bočnih kapela dograđene su empore. Time su dobiveni novi prostori – sa sjevernih empor bogoslužje su mogli pratiti učenici, a s južnih ljubljansko plemstvo. Gradnju je vodio arhitekt Francesco Ferrata, a kamene radove izveo Luka Mislej. Mislej je autor novog glavnog portala kroz koji se u crkvu ulazi i danas. Svodovi su ukrašeni štukaturom pod vodstvom Tommasa Ferrate.
1702.
Janez Jurij Remb i njegov sin Frančišek Karel Remb oslikali su crkvene svodove. Freske se nisu sačuvale.
1709.–1738.
Crkva je opremljena novim kamenim oltarima koje danas možemo vidjeti. Crkva sv. Jakova po njihovom broju i kvaliteti nedvojbeno je najraskošnija crkva u Ljubljani. Deset monumentalnih baroknih mramornih oltara krase iznimni kipovi koje su za ljubljanske isusovce izradili mletački kipari Jacopo Contieri, Paolo Groppelli, Francesco Robba, Franz Rotman i Angelo Putti s bratom te Matthias Hendrickhs. Oltare su postavili ljubljanski klesari Luka Mislej (primipil) i Franc Grumnik (documentar).
21. srpnja 1773.
Papa Klement XIV., pod pritiskom vladara Portugala, Španjolske i Francuske, ukinuo je isusovački red. Imovina ljubljanskog kolegija dana je u nadležnost državnog vjerskog fonda.
24. lipnja 1774.
Na Krakovom je jednoj ženi pri pečenju ribe izbio veliki požar koji se preko Ljubljanice proširio do sv. Jakova. U šentjakobskom predjelu plamen je uništio 66 kuća i sve tri crkve (sv. Jakova, sv. Florijana i sv. Rozalije), isusovački kolegij, školu i sjemenište. Iz knjižnice su spašene 637 knjiga koje je carica Marija Terezija namijenila općoj uporabi u ljubljanskom liceju. Te knjige čine prvi fond današnje Narodne i sveučilišne knjižnice.
1775.
Požarom teško oštećena crkva dobila je novi krov, a veći dio kolegija bio je srušen do temelja. O crkvi su se brinuli bivši isusovci koji su živjeli u susjedstvu i dva crkvena kljućara.
1785.
Uz crkvu je osnovana nova gradska župa. Postavljen je prvi župnik.
1867.
U crkvi su izvedeni veći obnoviteljski radovi.
1869.
Slikar Janez Wolf naslikao je novu oltarnu fresku koja se vidi iza Robbina glavnog oltara. Naslikao ju je u tradiciji baroknog iluzionističkog slikarstva, nadahnjujući se Pozzovim oltarom sv. Ignacija u crkvi Il Gesù u Rimu.
1885.–1886.
Crkva je temeljito obnovljena iznutra i izvana. Tijekom obnove slikar Jurij Šubic naslikao je u četiri polja na stropu lađe prizore iz života sv. Jakova, koji se vide i danas.

1895.
Na Uskrs Ljubljanu je pogodio snažan potres. Zvonici crkve sv. Jakova bili su toliko oštećeni da su morali biti srušeni do razine crkvenog krova. Novi zvonik izgrađen je 1897. (arhitekt Raimund Jeblinger).

1982.
Crkva sv. Jakova ponovno je vraćena pod upravu isusovaca.
2006.
Restauratorski centar Slovenije započeo je obnovu kapele sv. Franje Ksaverskog. Obnova još traje.
2007.
U travnju je na Restavratorskom centru Slovenije završena obnova oltarne slike Matevža Langusa “Marijino uznesenje” (1822.) iz prethodno spomenute kapele na sjevernoj strani crkve.
2008.
U lipnju je na Restavratorskom centru Slovenije završena obnova oltarne slike Paula Künla “Sv. Franjo Ksaverski” iz istoimene kapele na sjevernoj strani crkve. Budući da kapela još nije bila restaurirana, slika je privremeno vraćena u prezbiterij.
2015.
- U listopadu su stručnjaci Restavratorskog centra Slovenije obnovili toranjčić iznad kupole kapele sv. Franje Ksaverskog.
- U isusovačkoj zajednici pri sv. Jakobu u Ljubljani živjelo je pet članova. Župnik je bio p. Jože Kokalj.
- U studenom (16. i 29.) u župi je proslavljena 400. obljetnica posvete crkve.
2024.
Na blagdan sv. Franje Ksaverskog ljubljanski nadbiskup msgr. Stanislav Zore blagoslovio je obnovljenu kapelu sv. Franje Ksaverskog u crkvi sv. Jakova u Ljubljani.
Obnova, koja je trajala od 2006. pod vodstvom Restavratorskog centra Zavoda za varstvo kulturne dediščine Slovenije (ZVKDS), financirana je od strane Ministarstva kulture Republike Slovenije i Župe sv. Jakova u Ljubljani.
Ova objava je također dostupna na DE, EN, ES, FR, IT, PL and SI

