Das zentrale Element ist die Mensa, die von vier Figuren junger Afrikaner getragen wird. Auf ihr ruht das Bildnis des heiligen Franz Xaver im Priestergewand – nicht im Todeskampf, sondern als bereits Verstorbener, in Erinnerung an seine unverweste Reliquie, die seit 1637 in Goa aufbewahrt wird.
Über der Mensa erheben sich zwei Podeste mit den Skulpturen eines Seraphen und eines Cheruben, die anstelle der üblichen Säulen stehen. Beide Figuren wurden von Paolo Gropelli geschaffen, der ihnen eine ausdrucksstarke barocke Dynamik verlieh.
Der Tabernakel aus schwarzem Stein wurde 1719 durch zwei Marmornischen erweitert, in denen Engel von Jacopo Contieri untergebracht sind. Derselbe Künstler fügte auch die symbolischen Figuren von Europa und Afrika hinzu: eine hellhäutige „Königin“ und ein dunkelhäutiger „König“, die die Ausbreitung des Evangeliums auf alle Kontinente darstellen. Die Sockel dieser Figuren tragen die eingravierten Signaturen Contieris.
Der Aufsatz des Altars ist mit zwei auf Voluten sitzenden Engeln (ebenfalls von Contieri) sowie einem stehenden Engel mit Trompete auf der Spitze geschmückt, der von Angelo Putti gemeißelt wurde.
1860 malte Paul Kühn das Altarbild „Die Erhöhung des heiligen Franz Xaver“, das sich heute aufgrund von Restaurierungsarbeiten im Chorraum befindet. Vom selben Maler stammt auch der Kreuzweg (Via Crucis) von 1863 in den angrenzenden Kapellen.
An den Wänden der Kapelle befinden sich sechs Ölgemälde aus dem Jahr 1726, die die Wunder des heiligen Franz Xaver darstellen. Sie werden möglicherweise dem Maler Daniel Savoy zugeschrieben, einem ehemaligen Calvinisten, der gerade in dieser Kirche zum katholischen Glauben konvertierte.
Dieser Altar ist Ausdruck einer intensiven und tiefen Volksfrömmigkeit, die in der jesuitischen Tradition der Novenen vor dem Festtag des Heiligen verwurzelt ist – eine Praxis, die seit etwa 1700 gepflegt wird. Für diese Feierlichkeiten errichtete man ursprünglich temporäre Kulissen vor dem alten Altar, mit Engeln und allegorischen Darstellungen der Kontinente, die später dauerhaft in das künstlerische Programm des Altars integriert wurden.
